فلوکونازول برای درمان عفونتهای قارچی واژن استفاده میشود که با توقف رشد انواع رایج مخمرهای واژن (قارچ) عمل میکند. این دارو به عنوان جایگزین آمفوتریسین در درمان عفونتهای کریپتوکوکی نیز مصرف شده و همچنین برای پیشگیری از عود مننژیت کریپتوکوکی در بیماران مبتلا به ایدز و پیشگیری از بروز عفونتهای قارچی در بیماران تحت درمان با پرتو درمانی یا داروهای سیتوکسیک مصرف میشود.