ال کارنیتین در افراد سالم معمولا ایمن است، اما مصرف دوزهای بالا یا استفاده در افراد دارای بیماریهای زمینهای میتواند عارضهزا باشد. از عوارض احتمالی آن میتوان به افت فشار خون، سرگیجه، ناراحتیهای گوارشی و تشدید اثر برخی داروها اشاره کرد. مصرف اصولی، دورهای و تحت نظر پزشک، خطر بروز این عوارض را کاهش میدهد.